中性蛋白酶作用强大，在医药、纺织、皮革、饲料等行业得到充分利用。此外，中性蛋白酶对人体健康有许多好处，如消炎和消肿。
抗炎消肿作用：在体外对炎症多肽缓激肽有很强的分解能力；它对纤维蛋白和纤维蛋白原有很强的溶解能力，但对白蛋白、-球蛋白和-球蛋白的作用很小。2、促进痰液和浓缩液的溶解和排泄：对慢性副鼻窦炎患者，可降低鼻涕中干物质的重量和粘度；对接触二氧化硫气体的亚急性支气管炎家兔，可明显降低痰液粘度。
3、促进抗生素向病灶迁移的作用：可促进慢性副鼻窦炎患者氨苄西林向上颌窦的迁移；对实验性膀胱炎家兔，能促进甲氧西林向膀胱壁迁移。4、在烘焙行业中的应用：中性蛋白酶能将面团中的蛋白质水解成蛋白胨、肽甚至氨基酸，从而削弱面团的面筋强度，使其具有良好的可塑性和延展性，保持清晰美观的印花图案。
提高成品的光泽度，使饼干断面分明，结构均匀，口感松、脆、脆。5、大豆分离蛋白的应用：可将大豆分离蛋白水解成小分子肽，大大提高大豆分离蛋白的生物效价，使其易于被人体消化吸收，同时增加溶解度，降低粘度，改善大豆分离蛋白的功能特性。
6、啤酒行业：添加中性蛋白酶，将蛋白质分解成肽和游离氨基氮，尤其适用于大麦、大豆等植物蛋白。它可用于啤酒生产中，以消除冷浊蛋白质中的现象。
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