在西游记中，菩提祖师只在故事开头以孙悟空师父的身份出现过，之后再无迹可寻，为了探求菩提祖师的真实身份，我们先来看看菩提祖师的洞府。
菩提祖师洞府在西牛贺洲，大家注意这个西牛贺洲，这可是如来的地盘。而且从原著和影视剧来看，菩提祖师收徒众多，但却是除了孙悟空没有一个拿得出手的，这就奇怪了；而且菩提祖师可谓非常之高调，招摇，这话从何说起呢？孙悟空来到西牛贺洲找老神仙时，遇到一樵夫指路，悟空顺着樵夫的指引来到斜月三星洞，当时菩提祖师洞府的牌匾可是非常扎眼的呀，那么大一块牌子挂在那里，生怕别人找不到自己，那个别人当然就是孙悟空了。
试想一下，你会允许别人在自己的地盘广结门徒，还把那么明晃晃的牌匾挂在自己眼皮底下吗？绝不可能的，任谁都不会允许自己的权威遭到挑战，就像古代去外地做生意都是要拜山头的，而且态度要谦恭，还要送礼，伏低做小，就这样人家还不一定要你在这里生存呢，还要给人家保护费。况且自古以来就有俗语“强龙压不过地头蛇”，由此可见自古以来在别人的地盘上都不好混哟！
那么如来佛祖那么大派头的人物，怎么会允许别人在自己眼皮底下拉帮结派，不可能的，这不是给自己埋下隐患吗。我们据此可以推测菩提祖师可能是如来的化身，我们继续看其他线索。
菩提祖师的洞府“灵台方寸山”翻译过来就是灵山的方寸之间；灵台方寸山，灵台指的是心，“斜月三星洞”这是一个字谜，谜底是心，而佛家讲究修心，所谓心即是佛，佛即是心。而道家讲究的是道法自然。如此看来菩提祖师表面是道家仙人，实则佛门中人。
我们再来看，如来是很了解孙悟空的，如来收服孙悟空的时候说你若是能逃出我的手掌心就算你赢。按照剧情来看如来此前从未和孙悟空有过交集，又何来的自信可以一把降服泼猴？除非如来很了解悟空的本领，而且有克敌制胜之法。如果如来就是传授悟空法力本领的菩提，那么一切就说得通了。
至此有人就要问了，如来费尽心机安排这么多事情究竟是何居心，他为什么要这么做呢？孙悟空大闹天宫到底谁是最大的受益者？毫无疑问就是如来。如来虽是地上掌管四大部洲的一个部洲，虽然有大法力，但是在天庭的地位仅仅是五方五老之一，更谈不上影响力。经过孙悟空这么一闹，如来在天庭的地位大幅度提升，而天庭本来还是以三清老君为代表，经过悟空的搅闹，天庭玉帝的心思倾向了佛门一方，之后如来发起了一场明显是为了扩张佛教的取经，得到了玉帝的大力支持。
如果是这些还不够充分的话，我们接着看：“功成行满见真如”真如是何方神圣？就是如来呀，而书中对菩提祖师的描述是“空气自然随便化，真如本性任为之”这下可就是铁证了。
孙悟空的师父菩提祖师其实就是如来幻化的，如来为什么要假扮菩提祖师教给悟空本领呢？平白无故出现一只猴子搅动天地，天庭怎么可能不加干涉，他的师父又是谁，这些事根本就瞒不住的，那为什么如来还要多此一举呢。如来假扮菩提祖师传授悟空本领就是要告诉众人孙悟空的师父就是菩提，那他究竟要迷惑谁呢，他又和真正的菩提祖师有什么渊源呢。西游记原著对假菩提的描述是这样的“大觉金仙没垢资，西方妙相祖菩提，不生不灭三三行，全气全神万万慈，空气自然随变化，真如本性任为之，与天同寿庄严体，历劫明心大法师”也就是说菩提祖师是修行圆满的神佛，是西方之祖。所以不可能无人知晓菩提是谁以及他的存在。
还有菩提祖师给悟空起名时说“我门中子弟排辈分按照广大智慧，真如性海，颖悟圆觉十二字，到你乃第十辈小徒，为你起名悟空可好”。纵观整个西游记唯一如字辈的人除了如来还有谁呢。所以，菩提是西方之祖，而如来是菩提门中一派，是菩提祖师的徒弟，那么后来为什么如来取代了菩提成为西方之祖呢，真正的菩提祖师又去了哪里呢？且看下回，我们一起探寻菩提祖师的因果。