对图片添加标注和文字是科研图片处理中一个非常基础的操作，Image J也可以进行这方面的处理。
01利用描边和填充添加
在绘制好选区（几乎只会用到箭头工具）之后选择：Edit-Draw（描边，快捷键Ctrl D），使用事先设定好的颜色和粗细进行绘制；也可以填充设定好的颜色Edit-Fill（填充，快捷键Ctrl F）。
文字工具也是如此，在输入文字之后，选择Edit-Draw，可以盖印到原来图片上。
如果要修改颜色、字体、粗细等绘图属性，可以选择Edit-Option-Colors/Fonts/Line Width…进行修改。
中一些选区工具如Arrow Tools（箭头工具）可以直接双击该工具修改其绘图属性。
颜色的修改还可以双击工具栏中的Color Picker（拾色器）来修改：
当然，Fiji也提供简单的绘图工具，包括Pencil Tool（铅笔工具）、Paintbrush Tool（画笔工具）、Flood Fill Tool（填充工具）和Overlay Brush Tool（浮层画笔工具），可以直接或者以Overlay的形式在图片上面进行涂鸦，但是科研图片处理中基本用不到。每个工具都可以双击进行属性修改。
02 利用ROI Manager添加
也可以将标注（文字和箭头等）以选区的形式保存到选区管理器（ROI Manager）里面，勾选Show All，然后利用拼合图层（Flatten）来盖印生成新的图片。注意：会新生成一个添加了标注的图片。
03 利用Overlay图层添加
在利用选区工具和文字工具做好标注之后，还可以使用Image-Overlay-Add Selection（快捷键是Ctrl B），来建立Overlay图层，最后直接导出成非tif格式图片，获得标注后的图片。
或者建立Overlay图层之后，利用ROI Manager的拼合图层（Flatten）在本图层盖印，再导出成各种位图格式。
利用Overlay图层和上一种方法不一样的地方在于，标注会直接添加到原来图片上面，而不是新建一个添加了标注的图片。
所谓Overlay，可以看做是一种透明的悬浮图层，悬浮在你要处理的图片上方，处理的时候可以看到，保存成tif格式图片的时候会写到文件的header里面，你看不到；保存成其他没有图层的位图（比如jpg、png）格式的时候，你可以看到。
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