在菌种的制作及袋料栽培过程中，若有一个环节把关不严，就会发生污染所以，必须严把操作关，使每个环节都必须严格按照操作程序和技术规范操作，环环紧扣同时采取生物防治和药物防治相结合，能收到更好的效果
1.把好配料关用作配制培养基的各种原料必须不霉烂变质，颗粒大小适度袋装原料应过筛，剔除尖硬材料，拌料要均匀一致，要避免干料或含水较低的原料混入基质中采用塑料袋做菌种容器或栽培时，要严防袋壁破损因为出现很小的微孔，就会导致污染要当日配料，当日装袋灭菌，尤其是在高温季节，间隔时间越长，杂菌数就越多
2.彻底灭菌灰树花培养基的灭菌要严格掌握灭菌条件菌袋(瓶)在灭菌锅内排放要有层次，避免灭菌时产生“低温死角”，堆放高度控制在60~70cm升温时要排尽灭菌器中的空气，加温的时间宁可稍加延长，不可随意缩短常压灭菌时升温应快，最好在4~6h内温度能达到100摄氏度;高压灭菌后排气要缓慢，否则压力急剧变化，袋壁容易胀破灭菌后的培养基，应趁热移入冷却室或接种室冷却后的基质应尽早接入菌种
另外，棉塞受潮导致杂菌污染，也是菌种污染的主要原因之一所以在分装培养基或灭菌过程中，要防止棉塞受潮，发现受潮后要及时更换;不能更换时，可在棉塞上撒些石灰粉漂白粉或多菌灵混合粉剂，加快棉塞干燥，降低杂菌污染
3.选择优质菌种优良灰树花菌种的主要标准是菌丝纯白健壮均匀一致，生长速率中等母种菌龄15天左右，原种和栽培种菌龄40~50天成熟的菌种，其菌丝外观具有光泽，有较厚的白色菌皮及白色原基出现，菌种块有弹性，闻之有香味菌种块移接后，萌发快，定植早
劣质或老化退化的灰树花菌种，菌丝生长速度慢，基内菌丝少，培养基干涸松散，不能结块，菌种块弹性差，无香味，菌皮厚且呈黑褐色，无光泽，有大量液体分泌，培养基收缩早并与瓶(袋)壁分离菌种块移接后，萌发慢，定植晚
4.无菌操作接种操作的空间环境必须严格净化灭菌或消毒接种工具必须灭菌后使用操作前工作人员的手和衣物必须进行消毒即使如此，整个操作区域还不能说是无菌状态，只有在酒精灯火焰周围及其上方的很小区域才是真正的无菌区因此，在接种操作时要严格遵守无菌操作规程，尽量减少基质在空气中曝露的时间，操作要迅速敏捷另外，接种时去掉瓶(袋)口上层的老化菌种，加大接种量，并尽量避开高温季节生产接种，也可起到控制杂菌污染的作用
5.净化环境制种及栽培场(房)应尽量减少污染源，如垃圾场废料堆污水坑畜禽棚舍等，并做好日常性的卫生清理和定期消毒工作接种室冷却室和菌种保藏室，要与原材料仓库出菇房配料室保持一定距离或有良好的防污染隔离障碍物菌种生产区内应制定严格的卫生管理制度，生产环境净化程度越高，控制措施越严格，杂菌的污染率越低
6.加强管理除做好以上工作外，还应创造良好的发菌及出菇条件，使灰树花菌丝体及子实体生长处于最佳环境，以增强对杂菌的抵抗力