一般瓶装水在包装前都会用臭氧消毒，所以刚灌装的瓶装水会含有高浓度的臭氧。臭氧被吸入体内后，会破坏皮肤中的维生素E，使皮肤产生皱纹和黑斑，严重时还会破坏人体的免疫功能，诱发淋巴细胞疾病。
最好的方法是将新鲜的瓶装水放置1-2天，待臭氧消散后再饮用。另外，瓶装水是和饮水机一起使用的，还有水龙头、进水口、排污口等。
很容易让空气中的微生物和漂浮层进入桶内，使桶内的水受到二次污染。在常温下，饮水机水中的有害菌落数第一天为零，但第十天就攀升至8000个。
最好的方法是把水加热后再喝。
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