1、温度：控制温度是辣椒贮藏的基本条件。贮藏适温为9℃～12℃。一般夏季辣椒的贮藏适温为10℃～12℃，冷害温度9℃；秋季的贮藏适温为9℃～11℃，冷害温度8℃。
2、湿度：保证湿度是辣椒贮藏的重要条件。辣椒极易失水，湿度过低会使果实失水萎蔫，辣椒贮藏适宜的相对湿度为90％～95％，采用塑料密封包装袋可以很好地防止失水。但另一方面，辣椒对水分又十分敏感，密封包装中湿度过高，出现结露，会加快病原菌的活动，使病害的发生。
3、气体：应用气调贮藏是提高辣椒保鲜效果的好方法。辣椒气调贮藏适宜的气体指标一般为氧气2％～7％，二氧化碳1％～2％。包装内过高的二氧化碳积累会造成萼片褐变和果实腐烂。目前，国内外多采用PVC或PE塑料小包装进行气调冷藏，但贮藏中二氧化碳浓度往往偏高，需用二氧化碳吸收剂降低浓度。
4、防腐：辣椒贮藏必须做好防腐处理，否则将会造成果实大量腐烂。辣椒的防腐处理分为两个时段，一是采前10～15天之间的果实防腐，二是采后入贮贯穿整个贮藏期的防腐。辣椒的防腐部位主要集中在果梗和果实受伤部位。