1、概念不同：权责发生制是按照收益、费用是否归属本期为标准来确定本期收益、费用的一种方法；收付实现制是按照收益、费用是否在本期实际收到或付出为标准确定本期收益、费用的一种方法。
2、优缺点不同：权责发生制的优点是科学、合理、对盈亏的计算比较准确，但缺点是较复杂；收付实现制的优点是处理手续简便，但缺点是不科学，对盈亏计算不准确。
3、会计处理方法不同：权责发生制是将本期的收入和费用以“应收应付”为原则入账，不论款项是否实际收到或支出；收付实现制则以“实收实付”为原则入账，以实际现金的收到和支付为衡量标准。