黄瓜基本上是退化型腋生单性花，偶尔也出现两性花。每朵花分化初期均有萼片、花冠、蜜腺、雌雄蕊、初生突起。但在形成萼片与花冠之后，有的雌蕊退化，形成雄花，有的雄蕊退化，形成雌花；雄花常腋生、多花，雌花腋生、单花或多花；也有的雌雄蕊都有所发育，形成不同程度的两性花。黄瓜的花萼与花冠均为钟状、五裂，其大小因品种不同而异。花萼绿色有刺毛，花冠黄色。雄花有雄蕊5枚，其中4枚两两连生，另有一枚单生，雄蕊合抱在花柱的周围，组成三组并联成筒状，花药侧裂散出花粉。雌花子房下位，3室，侧膜胎座，柱头较短，三裂。
黄瓜有雌花、雄花和两性花三种类型。按黄瓜植株上花的性别表现，主要分为下列8种性型：
①纯雌株：在主蔓和子蔓上仅生雌花。
②强雌株：植株上除雌花外，还有少量雄花。
③雌全同株：在主蔓上先有一段完全花节，其后是雌花和完全花间隔相生，能自行受精结果。
④雌雄全同株：主蔓上先有一段雄花节，其后是一段雄花、完全花、雌花相间，再后以是雌花为主。能自行受精结果。
⑤雌雄同株：是最常见的类型，主蔓上先有一段雄花节，其后一段雌花、雄花相间着生，有时后期有一段雌花。一般雄花数多于雌花。
⑥完全株：主蔓最初几节是雄花或两性花，其后为连续两性花，侧枝上只有两性花，每一两性花节的第二朵以后的花也可能是雄花，有时还有雄花和两性花之间的过渡型花。能自行受精结果。
⑦雄全同株：最初几节是雄花，继以一段完全花（或雌花）和雄花相间着生，其后都是完全花。它的第一完全花的节位通常较高于雌雄株的第一雌花节位，而且常在同一节内有完全花和雄花。因而也能自行受精结果。
⑧纯雄株：植株上全是雄花，没有生产价值。只有在特殊情况下才能出现。
就其一个品系而言，可能有一种或一种以上的性型株，故而分为雌雄同株系（雌、雄花均有，且雄多雌少），是最为常见的类型。雌性系（通常包含全部为纯雌株的纯雌系和全部或大部分为强雌株小部分为纯雌株的强雌株系）。雌全异株系（部分植株为纯雌株或强雌株，部分植株为纯全株或雌全同株）。完全花自交系通常又称“二性系”。雄全异株系（部分植株为纯雌株或雌雄同株，部分植株为纯全株或雄全同株）。
黄瓜生产中的大部分品种都是雌雄同株型，但也有些保护地品种是雌性系类型，即全株的花都是雌花。亦有少数品种属于复雌花型，即数朵雌花簇生于单个节位。黄瓜品种的雌花节率分布在0%～100%之间。不同品种雌花节率的稳定性不同，这主要取决于品种性型分化对温度和光照的敏感性。
黄瓜为虫媒花，品种间自然杂交率为53%～76%。因此在黄瓜留种时，为避免不同品种间杂交，保证品种纯度，隔离距离应大于1500m。如果不能达到这一要求，就必须增加一些设施，以防止昆虫传粉。
黄瓜主蔓上出现第一雌花的节位因品种不同差异很大，在同等条件下，有的品种在第1～2节位就开始出现雌花，有的在25节位之上着生第一雌花，少数则只生雄花。雌花出现的节位高低可以作为熟性鉴别的一个重要标志。