1、运动水壶最好的消毒方式是干燥。建议清洗水壶后，尽可能控干。比如开口朝下，放置干净的篦子上，控干内部的水。不一定要选择消毒烘干锅这么麻烦。其实，我们平常生活也是如此，我们使用的餐饮具，清洗后都要保持内部完全干燥，这样可避免剩余水可能带来的二次污染。
2、先将剩余的水先倒掉，拆开水瓶、盖子、瓶嘴等部件，分别用清水冲洗。用小刷子旋转和直刷来仔细清洗瓶身内部各个角落。如果是透明的瓶体，瓶内壁的水既不凝聚成滴，也不汇聚成股地往下流，就是洗干净了。
3、壶嘴直接和口腔接触沾染唾液，外露的壶嘴还会在户外运动中受到灰尘污染。另外，含糖类饮料也会大量残留在壶嘴，滋生细菌，正所谓病从口入，清洗时需要格外注意。可拆卸壶嘴的清洗比较简单，用力旋转拔出壶嘴，用清水冲洗，如果遇到壶嘴底部有密封圈，需把密封圈拆下再进行清洗（如不拆下，密封圈背面会成为污物聚积的死角）。如果是不可拆卸的壶嘴，可在瓶内倒入一定量餐具用清洁剂，灌水摇匀，拉开壶嘴，反复挤压冲洗。
4、壶口和壶盖上的螺纹也是清洗时容易忽略的地方。建议涂抹适量牙膏，用牙刷反复擦洗，最后冲洗干净，放在通风处晾干即可。