1、自制大蒜酵素一定要保存在非金属的容器中，像塑料桶或者陶器都可以，相对来说塑料容器更理想的一些，因为它们有或以膨胀的空间，在酵素出现张力以后，也不会发生爆炸，比较安全。玻璃的容器就不具备这种特性，另外金属容器中的金属物质会与酵素中的有些成分之间发生化学反应，诱使酵素产生变质，因此绝对不能使用。
2、自制大蒜酵素是不能保存在冰箱里面的，因为在低温的环境中，酵素的活性就会消失，人们食用以后也起不到应有的做用，因此把自制酵素直接保存在温暖的环境中，并进行密封保存就可以。如果家中没有暖气，冬天室内环境很低，那就尽量不要使用了，等环境温度升高以后，酵素的活性也会恢复。
3、自制大蒜酵素不论是保存还是使用，都不能接触到四十五度以上的高温，把它右存在二十五度左右的环境中，是最理想的。大家在常温中保存酵素时一定要记得，不能让酵素与阳光直接接触，因为阳光直射有酵素上时产生的温度会远远超过四十五度，这时的酵素在温度的变化中也会出现变质的情况。