1、颜色：水晶色白而多明亮耀眼；玻璃于白色之中而微泛青色、黄色，且感明亮不足。
2、硬度：水晶硬度为7，而玻璃为5.5左右。如用天然水晶晶体的新鲜棱角去刻划，可以划破的是玻璃。
3、杂质：水晶为天然水晶，体内常有绵纹（微裂）等不均、不完美现象；而玻璃为人工熔炼结果，体内常均一而无绵纹，但用10倍放大镜仔细察看，常可发现微小的气泡。
4、此外，水晶和玻璃如用舌舐，则水晶有凉感，而玻璃有温感。
5、区别天然水晶与合成水晶，天然水晶清澈透明，常含星点状、云雾状或絮状展布的气泡包体，并常可见到微裂纹。人工合成水晶毫无裂纹，却常有小气泡（用10倍放大镜观察更易发现）。此外用手掂量，可感到合成水晶的密度大于天然水晶。