1、本质区别。黄鳗鱼和鳗鱼在本质上就有明显的区别，黄鳗鱼也叫黄鳝鱼，它是合鳃鱼科黄鳝属的一种动物，它也叫常鱼或者蛇鱼，而鳗鱼则是鳗丽目类下的一种鱼类，它外观与蛇十分相似，而且体表无鳞，这是两者之间最重要的不同。
2、生存环境不同。黄鳗鱼和鳗鱼在生存环境上也有明显区别，黄鳗鱼是一种喜欢生活在稻田，小溪，池塘等淤泥水层中的鱼类，它在中国大部分地区都有出产，特别是中国长江流域产量较高，而鳗鱼则喜欢生活在无污染的清洁水域中，它是世界上最纯净的水生动物，平时喜欢生活中淡水与咸水交界的地带。
3、繁殖方式不同。黄鳗鱼和鳗鱼在繁殖方式上也有明显区别，黄鳗鱼一生中可繁殖多次，而鳗鱼在一生中只会产卵一次，而且它产卵以后就会死亡。另外曼鱼在水中长大，在陆地的河川中生长，但他成熟以后会洄游到海洋中产卵，这也是它与黄鳗鱼之间的重要不同。