配置步骤有6步：用水、称量、复水、灭菌、pH测定、配制好的培养基保存
第一，用水 培养基制备用水应使用电阻率不小于30万Ωcm的蒸馏水或与其同质的水，最好不使用离子交换器生产的去离子水。
第二，称量 称量时要用专用的角匙，避免交叉污染而影响检验结果；干粉培养基易吸潮，如有条件，尽量在湿度较低的房间称取培养基。 第三，复水 复水时不得用铜锅或铁锅，以防有离子混入培养基中，影响微生物的生长；容器的大小需大于复水后培养基总体积的2倍以上，避免在加热溶解过程中，培养基溢出；含有琼脂粉的培养基，在加热溶解之前可以浸泡数分钟；加热培养基时一定要进行搅拌，特别是琼脂类培养基。为避免烧焦和沸腾溢出，对于少量的培养基最好使用沸水浴进行加热。烧糊的培养基营养物质被破坏，并可产生有毒物质，如发现焦化，或未溶解均匀前培养基有溢出，该培养基即不能使用，应重新制备。对于琼脂类培养基进行再融化时应使用沸水浴或流动蒸汽进行加热，最多只能加热两次，第二次再融化后仍未用完的培养基应弃去。
第四，灭菌 一般培养基采用湿热灭菌，即高压蒸汽灭菌，通常是121℃15 min，含糖或特殊培养基，按照国家标准或生产商提供的说明灭菌。已配制好的培养基必须立即灭菌，避免微生物生长繁殖而消耗养分，改变培养基的酸碱度。高温可破坏培养基的营养成分，还会使琼脂的凝胶强度下降，因此必须严格控制灭菌温度和时间，并且不可重复灭菌。高压蒸汽灭菌锅的压力表等要定期进行检定，并定期采用生物指示菌法或化学变色纸片对灭菌效果进行验证。 第五，pH测定微生物必须在适宜的pH范围内才能正常生长繁殖或体现其生物特性。培养基配方要求的pH为灭菌或消毒后的pH值，即培养基使用前的pH，并应在25℃温度下采用精密酸度计进行测量，固体琼脂培养基应以特殊的胶体表面测量电极进行测量。使用过程中，如果需要调整培养基的pH，应用1mol/L Na0H或lmol/LHCL调整，注意不可反复调pH，否则会影响培养基的渗透压。
第六，配制好的培养基保存 灭菌以后培养基应该迅速冷却至所需温度，避免长时间保存在灭菌锅内，造成过度灭菌，影响培养基的营养成分或选择性效果。所配制的培养基的量，应该是在最长保存期限内正好使用完。含染料的培养基应闭光保存；倒好的琼脂平板如果配制的当天未使用完，应于冷藏保存，如果保存时间超过2天，应将其放入密封的塑料袋中保存；配好的肉汤类培养基如果保存时间超过2个星期，应将其放在带有螺旋盖的试管或其它密闭的试管或容器中防止蒸发。