普洱茶在后期的发酵是非常复杂的，由于普洱茶中的蛋白质含量相对较少，使得有害菌很难生存。在酸性环境下，有害菌很难生存，大多数是有益菌，普洱茶发酵呈弱酸性，因此大多数为有益菌。另外，茶叶中的多酚类物质会抑制有害菌的生长。在普洱茶的品质形成过程中，除了湿热反应、氧化反应外，微生物参与的发酵对品质形成十分重要，在现有的研究中，已经发现的主要微生物有以下几种：
1、黑曲霉。黑曲霉是一种低等真核生物，作为世界公认的安全可食用性，广泛分布于世界各地的粮食、植物性产品和土壤中。是重要的发酵工业菌种，可生产淀粉酶、酸性蛋白酶、纤维素酶、果胶酶、葡萄糖氧化酶、柠檬酸、葡糖酸和没食子酸等。作为参与普洱茶品质形成的重要菌种，研究其生命周期极其代谢产物变化有着重要意义。普洱茶生茶属于后发酵茶，熟茶属于半发酵茶，无论熟茶还是生茶，在发酵的过程中，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉可以产生数十种酶，可以分解包括多糖、脂肪、蛋白质、天然纤维、果胶和非可溶性化合物等有机物。水解产物大多为单糖、氨基酸、水化果胶和可溶性碳水化合物，使茶叶内含有效成分易于渗出、扩散，为增强茶汤的滋味和形成普洱茶干滑、醇厚的品质特色奠定了坚实的物质基础。所以说，在普洱茶发酵过程中黑曲霉代谢产生的有机酸和酶对普洱茶品质的形成有着重要的作用。并且在普洱茶熟茶渥堆过程中黑曲霉始终是以优势菌群作用于普洱茶。
2、产黄青霉。在普洱茶后发酵或渥堆过程中产黄青霉产生多种酶类及有机酸，同时其代谢产生的青霉素对杂菌、腐败菌有良好的消除和抑制生长作用。因此，我们认为产黄青霉对普洱茶醇和品质的形成有辅助作用。