1、臀部区别
区分仓鼠公母的方法很简单，一般公仓鼠的臀部比较大，而且又红又肿，而母仓鼠的臀部一般是呈一个倒立的三角形，肛门小而且呈闭拢状，个别母的还能看到有圆状物。
2、香腺区别
通过仓鼠是否有香腺来区分公母，虽然不明显，但是也能看出来，一般公仓鼠是有香腺的，香腺比较明显；母仓鼠则没有。
3、体征区别
区分公仓鼠和母仓鼠还可以通过其肛门和生殖器的距离来进行判断，母的生殖器跟肛门之间比较近，反之比较远的则是公仓鼠。
4、乳房区别
幼年的仓鼠分辨公母非常容易，一般肉眼都能看出，有双侧乳头的就是母仓鼠，平时被毛挡住不明显；没有乳头的便是公仓鼠，很好区分。