普洱茶是后发酵茶。在成品普洱茶的储存中，无论是生茶还是熟茶，在良好的条件下，经过几年到几十年的后熟，可以提高茶叶的品质和口感，使普洱茶具有相对陈化香的特点和对人体的一些特殊保健功能。但不同地区存放的普洱茶，转化率和效果不同，藏友熟悉的有“热储熟”和“冷储香”。
[热储存和熟化]
普洱茶后发酵的本质是成品茶中还含有黑曲霉的孢子和菌丝体、根霉毛霉、酵母等真菌。在适宜的温度和湿度条件下，它们可以依靠茶叶作为营养基础来生长和繁殖。这些真菌在15摄氏度以上，空气湿度在60%以上，孢子可以萌发，菌丝体可以产生孢子，可以无性繁殖和有性繁殖。复制速度非常快，可以是几十分钟，也可以是几个小时完成一个时代的交替。在35的液体培养基中，真菌的繁殖速度极快。
普洱茶叶是菌类丰富的粮仓。在普洱茶后发酵过程中，以黑曲霉为主的真菌的繁殖率至关重要。在真菌酶和氧化作用下，茶黄素转化为茶红素和茶褐素，茶多酚和茶碱逐渐分解，毛霉糖化等生化反应使茶汤由绿黄色转变为宝石红色，可溶性物质增加，滋味醇厚甘甜，感觉变得更加润泽。
[冷藏熏香]
普洱茶是一种发酵食品。香气的生化机理比较复杂，包括蛋白质的成熟和糖的焦化反应。但更重要的是，糖转化为酒精，酒精转化为酯，芳香酯是大多数发酵食品的香气来源。在普洱茶漫长的储存期内，真菌能产生糖化酶、醇酶和酯化酶，在不同茶性、不同年龄、不同生化条件下形成特定的芳香酯，使普洱茶越陈越香。普洱茶的后熟效果可以延续到几十年以上。
发酵食品中醇类的酶促酯化需要较低的温度，芳香酯类在较低的温度下更有利于保存和缓释，这是许多发酵食品在冷藏中的增味机理。普洱茶香气是茶精和茶叶中微生物酶酯化的产物，与亚热带常绿阔叶林中的樟树等芳香产油植物关系不大。