生物界由动物界、植物界和微生物界组成。人们往往很少关注日常生活中的微生物群落。然而，微生物对生命的影响极其重大。普洱茶是茶家族中最奇特的一种茶，与微生物关系密切。
黑曲霉与普洱茶
黑曲霉(Aspergillus Niger)是一种低等真核生物，是世界公认的安全可食用生物，在工业生产和学术研究中发挥着重要作用。作为参与普洱茶品质形成的重要菌株，研究其生活史及其代谢产物的变化具有重要意义。
在普洱茶的发酵和堆积发酵过程中，黑曲霉的数量始终处于优势地位。黑曲霉能产生胞内和胞外霉菌，水解霉菌约有20种，其中糖化酶、纤维素酶和果胶酶能分解包括多糖、脂肪、蛋白质、天然纤维、果胶和不溶性化合物在内的有机物。水解产物多为单糖、氨基酸、水合果胶和可溶性碳水化合物，使茶叶中的有效成分易于渗出和扩散，从而为提升茶汤口感，形成普洱茶干、滑、醇的品质特征奠定了坚实的物质基础。因此，黑曲霉在普洱茶发酵过程中产生的有机酸和酶对普洱茶品质的形成起着重要的作用。另外，黑曲霉在渥堆发酵过程中始终作用于具有优势菌群的普洱茶。
青霉菌与普洱茶
普洱茶渥堆发酵过程中，青霉菌产生多种酶和有机酸。同时，产黄晴霉菌代谢产生的青霉素可能对杂菌和腐败菌的生长有良好的消除和抑制作用。因此，我们认为产黄晴霉菌对普洱茶醇度和品质的形成有辅助作用。
根霉和普洱茶
根真菌的淀粉酶活性高，能产生有机酸和芳香酯。然而，由于其分泌果胶酶的能力较强，普洱茶在堆积发酵中的软化也与真菌的生长有关。在堆积发酵的各个阶段，控制适宜的温度和湿度，增加根霉的比例，有利于普洱茶黏醇品质的形成。
灰曲霉与普洱茶
这种菌株会导致食物腐烂变质。生产中要尽量避免菌群的滋生。据测试，在大批量生产中出现较多，而在模拟、杀菌、堆酵试验加工的普洱茶中很少出现，后来消失。因此，控制堆制温度，改善制茶环境卫生，有利于普洱茶纯正品质的形成。酵母和普洱茶酵母是普洱茶品质形成的重要菌种。