普洱茶渥堆发酵过程中，微生物种类繁多，包括黑曲霉、青霉、根霉、灰曲霉、酵母菌和细菌。细菌数量很少，没有发现致病菌。台湾省立大学孙鲁西教授做过实验，证明普洱茶不含黄曲霉。
这些微生物直接影响普洱茶的品质、风味和保健作用：
(1)黑曲霉的数量在普洱茶的堆积发酵过程中始终处于优势地位，它能产生20多种水解酶，其中大部分是单糖、氨基酸、果糖等。使茶叶中的成分易于渗出和扩散，为增加茶汤口感，形成普洱茶干、滑、醇的品质特征奠定了基础。
(2)青霉菌能产生酶和有机酸，其中黄晴霉菌能消除和抑制杂菌和腐败菌。因此，黄晴霉菌对普洱茶醇度和品质的形成有辅助作用。
(3)根霉淀粉酶活性高，能产生有机酸和芳香酯，有利于普洱茶黏醇品质的形成。
(4)灰绿曲霉会使食物腐烂变质，控制堆制温度，改善制茶环境卫生，可以保证普洱茶的纯正口感。酵母菌是普洱茶品质形成的重要菌株。普洱茶甜、醇、香的品质特征与酵母有直接关系。【本文来源：普洱茶吧】