普洱茶的发酵就像一场被时间安排好的精彩大戏。前期为绿色，渐香有兰、蜜、烟、枣、樟、药等。谁知道还会有什么惊人之举？茶向来贵，普洱茶却不按套路出牌。越老的茶越珍贵。发酵使普洱茶“越陈越香”。
普洱茶的发酵过程按阶段分为前发酵和后发酵。当普洱茶暴露在阳光下，茶叶实际上开始发酵。另外，自然风干时，茶叶本身的含水量较高，带动了茶叶中有机物的氧化，这就是所谓的前发酵。普洱茶的后发酵主要是由于不同种类的微生物的孢子和菌丝体，如曲霉、酵母和其他真菌。它们依靠茶叶作为营养基础，在适宜的温度和湿度条件下生长和繁殖。这些真菌在15摄氏度以上，空气湿度在60%以上，孢子可以萌发，菌丝体可以产生孢子，可以无性繁殖和有性繁殖。复制速度非常快，可以是几十分钟，也可以是几个小时完成一个时代的交替。然后利用不同微生物产生的酶转化茶叶中的儿茶素、糖类、淀粉、纤维素等有机物，并加入真菌大量繁殖产生的热能，同步改变茶叶的色、味、香。
可以说，后发酵是普洱茶品质和口感的关键，是一个品质重构的过程。菌丝体在夏季和秋季无性繁殖，冬季休眠。在这一系列过程中，会产生酸，比如黑曲霉会产生柠檬酸；还会产生醇类、脂类等物质，尤其是芳香酯类，是大多数发酵食品香气的来源。普洱茶在储存过程中，通过年复一年的夏秋季节无性繁殖和冬季休眠，产生并保留芳香物质，这就是普洱茶能“越陈越香”的原因。
普洱茶属于自然发酵。前几年后发酵很慢，但是经过五年多甚至十年的陈酿，就非常明显了，尤其是在汤的色泽和口感上，和之前相比有了惊人的变化。成熟的普洱茶虽然经过了人工发酵，但是经过后发酵后还有很大的陈酿空间。经过精心的储存和陈酿，菌种会慢慢繁殖，慢慢氧化，使发酵更彻底，口感更醇厚。后发酵过程很大程度上取决于曲霉的作用。